Khoa Hệ thống Thông tin (HTTT) được thành lập vào năm 2006 cùng thời điểm thành lập của trường Đại học Công nghệ Thông tin. Đội ngũ giảng viên của khoa là các chuyên gia có uy tín, đáp ứng yêu cầu về đào tạo và nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực HTTT. Hiện nay, các giảng viên bao gồm 29 giảng viên, 08 tiến sĩ (trong đó có 03 phó giáo sư), 18 thạc sĩ và nhiều giảng viên mời giảng từ các trường uy tín trong và ngoài nước. Khoa gồm 3 bộ môn: Bộ môn Hệ thống thông tin quản lý, Bộ môn Hệ thống thông tin thông minh và Bộ môn Thương mại điện tử.

Sứ mệnh của Khoa Hệ thống thông tin là phát triển ngành công nghiệp CNTT và nguồn nhân lực CNTT. Khoa HTTT cung cấp chương trình giáo dục chất lượng cao đáp ứng yêu cầu của thị trường lao động trong lĩnh vực HTTT.

Với những nỗ lực không ngừng trong những năm qua, Khoa HTTT vinh dự được nhận được nhiều giải thưởng, bằng khen từ Trường Đại học Công nghệ thông tin, Đại học Quốc gia TP HCM, Bộ Giáo dục & Đào tạo và Thủ tướng Chính phủ. Đó là động lực để Khoa HTTT tiếp tục thực hiện sứ mệnh và tầm nhìn của mình  trong thời gian tới.